Verantwortlich für die operative Leitung der Stiftung Kinderheim Brugg ist ein fünfköpfiges Geschäftsleitungsgremium. Daniel Wölfle als Geschäftsleiter und Vorsitzender der Geschäftsleitung bildet zusammen mit den drei Institutionsleitenden und der Leiterin Zentrale Dienste die Geschäftsleitung.

Der Hauptstandort der Stiftung Kinderheim Brugg ist Brugg im Kanton Aargau. Die drei Institutionsleitenden agieren von den jeweiligen Institutionsstandorten aus.